Roche cobas s 201 system Benutzerhandbuch
- Typ
- Benutzerhandbuch
02/2008, Version 1.0 2.1
Pipettierung 2
Batch-Konzept
Das cobas s 201 System ist für die Probenverarbeitung in Batches
ausgelegt. Ein Batch ist eine Gruppe von Proben und Kontrollen, die
gemäß den Regeln für die zugehörige Testspezifikation zusammen
pipettiert, extrahiert und amplifiziert werden.
Ein Batch besteht aus der Gesamtheit der Proben und Kontrollen in einem
SK24-Rack.
Ein Batch wird vom Pooling bis hin zur Ergebnisausgabe anhand der ID
des SK24-Racks sowie einer bei der Pipettierung zugewiesenen ein-
deutigen Batch-ID identifiziert.
Die einzelnen Proben und Kontrollen innerhalb des Batches werden über
das Einlesen ihrer Barcode-IDs, die sich auf den Barcodeclips befinden,
identifiziert. Die Barcodeclips an den S-Tubes werden während des
Poolings und der Probenaufarbeitung verwendet, die Barcodeclips an den
K-Tubes während der Amplifikation und Detektion.
Abbildung 2.1
Batch
SK24-Rack-ID
Eindeutiger Barcodeclip
des S-Tubes
2.2 02/2008, Version 1.0
Externe Kontrollen von Roche (RMECs)
In jedem Batch müssen externe Kontrollen von Roche (RMECs) enthalten
sein. Die Anzahl der erforderlichen RMECs hängt vom jeweiligen Test ab.
MPX-Tests umfassen fünf Analyte; für jeden Batch müssen fünf RMEC-
Positivkontrollen und eine RMEC-Negativkontrolle pipettiert werden. Bei
der Pipettierung wird ein Aliquot der Negativkontrolle in das S-Tube an
Position 19 jedes SK24-Racks überführt. Anschließend werden Aliquote
aus jeder Positivkontrolle in S-Tubes an den Positionen 20 bis 24 jedes
SK24-Racks überführt (Abbildung 2.2).
Die RMECs werden stets vor den Proben pipettiert. Auf diese Weise
kann der Benutzer die bei der Kontrollpipettierung aufgetretenen
Fehler beheben, bevor die Probenpipettierung beginnt.
RMECs werden stets in die letzten Positionen der SK24-Racks
gestellt, so dass der gesamte Testlauf von der Extraktion bis hin zur
Amplifikation und Detektion durch Kontrollproben überprüft wird.
Benutzerdefinierte externe Kontrollen (UDECs)
Auf dem cobas s 201 System können jedem Test bis zu fünf benutzer-
definierte externe Kontrollen (UDECs) zugewiesen werden. Die Angaben
zu den UDECs, einschließlich Kontrollname, Barcodemuster, Chargen-
nummer, Verfallsdatum und Position der UDECs im SK24-Rack, werden
vom Laboradministrator vorgegeben.
Sobald UDECs für einen bestimmten Test zugewiesen wurden, kann der
Benutzer entscheiden, ob sie in einen Pipettierlauf einbezogen werden sollen.
Falls ja, werden die UDECs stets im ersten SK24-Rack pipettiert.
Die UDECs werden in den Bildschirmen und Berichten des Roche PDM
Pooling Manager und des Roche PDM Data Manager aufgeführt.
Abbildung 2.2
MPX-RMECs in einem SK24-Rack
Negativkontrolle
Positivkontrollen
Pipettierung
02/2008, Version 1.0 2.3
Mikrotiterplatten
Während der Pipettierung von großen Primär-Pools werden identische
Mikrotiterplatten als Rückstellplatten und Zwischenplatten verwendet
(Abbildung 2.3).
Jede Mikrotiterplatte ist mit einem eindeutigen Barcode-Etikett
versehen.
Rückstellplatte
Für den Fall, dass ein Sekundär-Pooling erforderlich ist, kann während des
Primär-Poolings eine Rückstellplatte mit einem Aliquot aus jedem
Spenderröhrchen vorbereitet werden.
Das Sekundär-Pooling kann auch direkt mit Aliquoten aus den
Spenderröhrchen durchgeführt werden, wenn keine Rückstellplatte
vorbereitet wurde oder wenn eine Position der Rückstellplatte
unbenutzbar ist.
Die Verwendung einer Rückstellplatte ist optional und wird bei der
Installation konfiguriert.
Die Position, die eine Probe in der Rückstellplatte einnimmt, hängt
von der Anzahl der Proben innerhalb des Laufs und der Art des
Poolings ab.
Zwischenplatte
Eine Zwischenplatte ist für die Pipettierung von großen Primär-Pools
erforderlich. Die Zwischenplatte enthält Interim Pools aus 12 Proben, die
zu einem großen Primär-Pool zusammengeführt werden.
Die Pipettierung von großen Primär-Pools wird im folgenden
Abschnitt genauer beschrieben.
Abbildung 2.3
Rückstellplatte und Zwischenplatte
2.4 02/2008, Version 1.0
Primär-Pools
Ein großer Primär-Pool ist ein Mehrproben-Pool (
n
= 24, 48 oder 96
Spenderproben) für die erste Probenmessung.
Die Pipettierung von großen Primär-Pools besteht aus zwei Schritten:
einem Plate Run und einem Batch Run. Für jeden Lauf wird neu pipettiert.
Plate Run
Während eines Plate Run werden Aliquote aus Gruppen von Spender-
proben in den Positionen einer Zwischenplatte zu Interim Pools aus
jeweils 12
Proben
zusammengeführt.
Die Anzahl der Spenderproben, die in das Gerät geladen werden, muss ein
Vielfaches der vorgesehenen Pool-Größe (24, 48 oder 96) sein. Die
maximale Anzahl an Spenderproben, die pipettiert werden kann, hängt
vom verwendeten Pipettor ab:
• Mit dem Hamilton Microlab STAR IVD Pipettor können bis zu
864 Spenderproben pipettiert werden.
• Mit dem Hamilton Microlab STARlet IVD Pipettor können bis zu
384 Spenderproben pipettiert werden.
Die Pipettierung eines Plate Run mit einem 96-Proben-Pool wird im
Folgenden beschrieben. Die Pipettierung eines Plate Run mit einem
24- oder 48-Proben-Pool ist analog.
• Aus der ersten Gruppe der Spenderprobenröhrchen wird 1 ml jeder
Spenderprobe aspiriert und in die Positionen einer Rückstellplatte
gegeben. Dieser Vorgang wird anschließend mit 700 µl-Aliquoten
aus denselben Spenderprobenröhrchen wiederholt, was insgesamt
Aliquote von 1,7 ml Spenderprobe an den jeweiligen Positionen der
Rückstellplatte ergibt (Abbildung 2.4).
• Aus den Positionen der Rückstellplatte werden 135 µl aspiriert und
in die Positionen in der ersten Querreihe der Zwischenplatte
gegeben, die zur Aufnahme der Interim Pools dient (Abbildung 2.4).
Pipettierung
02/2008, Version 1.0 2.5
Wurde keine Rückstellplatte vorbereitet, werden 135-µl-Aliquote direkt
aus den Spenderprobenröhrchen in die Zwischenplatte pipettiert.
• Dieser Vorgang wird dann mit der nächsten Gruppe von Spender-
proben wiederholt. Ein Aliquot von 1,7 ml jeder Spenderprobe aus
der Gruppe wird in die nächsten verfügbaren Positionen der
Rückstellplatte überführt, und anschließend werden 135 µl aus
diesen Positionen der Rückstellplatte aspiriert und in die gleichen
Querreihenpositionen der Zwischenplatte gegeben wie die erste
Gruppe von Spenderproben (Abbildung 2.5).
• Dieser Vorgang wird fortgesetzt, bis alle Spenderproben aus dem
ersten großen Primär-Pool pipettiert worden sind und die
Positionen in der ersten Querreihe der Zwischenplatte Aliquote aus
je zwölf Spenderproben enthalten.
• Anschließend wird der gesamte Vorgang wiederholt, um für jeden
weiteren großen Primär-Pool Interim Pools herzustellen. Dabei
werden die zusätzlichen Interim Pools in andere Positionen der
Zwischenplatte pipettiert.
Abbildung 2.4
Pipettierung der ersten Gruppe von Spenderproben während des Plate Run
(Beispiel für einen Plate Run für einen Primär-Pool mit 96 Proben)
Rückstellplatte
Zwischenplatte
Spenderröhrchen-Carrier mit 32 Positionen
1 ml +700 µl
135 µl
Position 1
Position 32
Abbildung 2.5
Pipettierung der nächsten Gruppe von Spenderproben während des Plate Run
(Beispiel für einen Plate Run für einen Primär-Pool mit 96 Proben)
Rückstellplatte
Zwischenplatte
Spenderröhrchen-Carrier mit 32 Positionen
1 ml +700 µl
135 µl
Position 1
Position 32
2.6 02/2008, Version 1.0
Nach Abschluss des Plate Run enthält jede Rückstellplatte 1,565-ml-
Aliquote aus jedem Spenderprobenröhrchen, und in den verwendeten
Positionen der Zwischenplatte befinden sich jeweils gepoolte 135-µl-
Aliquote aus je zwölf Spenderprobenröhrchen.
Batch Run
Während eines Batch Run werden zur Herstellung des großen Primär-
Pools Aliquote aus den Positionen der Zwischenplatte in S-Tubes
pipettiert (Abbildung 2.6):
• Für einen Primär-Pool mit 24 Proben werden 500-µl-Aliquote aus
zwei Positionen in ein S-Tube pipettiert.
• Für einen Primär-Pool mit 48 Proben werden 250-µl-Aliquote aus
vier Positionen in ein S-Tube pipettiert.
• Für einen Primär-Pool mit 96 Proben werden 125-µl-Aliquote aus
acht Positionen in ein S-Tube pipettiert.
Es können Zwischenplatten aus mehreren Plattenläufen in das System
geladen werden. Die maximale Anzahl an Zwischenplatten, aus denen
pipettiert werden kann, hängt vom verwendeten Pipettor ab:
• Mit dem Hamilton Microlab STAR IVD Pipettor kann aus bis zu
5 Zwischenplatten pipettiert werden.
• Mit dem Hamilton Microlab STARlet IVD Pipettor kann aus bis zu
4 Zwischenplatten pipettiert werden.
Abbildung 2.6
Pipettierung von zwei Pools mit 96 Proben während eines Batch Run
Zwischenplatte
125 µl
Pipettierung
02/2008, Version 1.0 2.7
Repeat Batch Run
Bei einem Repeat Batch Run
wird ein weiterer großer Primär-Pool
hergestellt, falls ein Testergebnis des ersten
ungültig
war.
Für den Repeat
Batch Run wird die Zwischenplatte verwendet, die im ersten Schritt (Plate
Run) des ursprünglichen Primär-Pooling-Laufs hergestellt wurde.
Für einen Repeat Batch Run muss immer aus der Zwischenplatte
pipettiert werden. Ist keine Position der Zwischenplatte verfügbar,
wird für die Proben ein Auflösungs-Pooling angefordert.
Laden Sie nur eine Zwischenplatte für einen Repeat Batch Run.
Während eines Repeat Batch Run werden Aliquote aus den gleichen
Positionen der Zwischenplatte wie bei der Herstellung des ursprünglichen
großen Primär-Pools (Abbildung 2.6) in S-Tubes pipettiert, um einen
Ersatz-Primär-Pool herzustellen (Abbildung 2.7).
Abbildung 2.7
Repeat Batch Run für einen Primär-Pool mit 48 Proben
Zwischenplatte
250 µl
2.8 02/2008, Version 1.0
2D Pooling
2D-Pooling (zweidimensionales Pooling) wird zum erneuten Testen von
Proben aus großen Primär-Pools verwendet, wenn diese reaktiv waren.
Beim 2D-Pooling wird jede Probe in zwei verschiedene Pools pipettiert,
wobei die Probenverteilung (Abbildung 2.8) so erfolgt, dass nicht-reaktive
Proben bereits nach einem einzigen Lauf identifiziert werden.
Alle Proben aus einem Primär-Pool können bei einem 2D-Pooling-
Lauf bearbeitet werden.
Die Anzahl der hergestellten 2D-Pools hängt von der Größe des reaktiven
großen Primär-Pools ab:
Abbildung 2.8
Probenverteilung in 2D-Pools
(Beispiel für ein 2D-Pooling für einen Primär-Pool mit 48 Proben)
Rückstellplatte
Primär-Pool 2
Primär-Pool 1
Sechs-Proben-Pools
S-Tube-Positionen 1-8
Acht-Proben-Pools
S-Tube-Positionen 9-14
Größe
des Pools
Anzahl der 2D-Pools Aliquot aus jeder Probe
24 4 Pools mit je 6 Proben
6 Pools mit je 4 Proben
167 µl
250 µl
48 8 Pools mit je 6 Proben
6 Pools mit je 8 Proben
167 µl
125 µl
96 Zwei Batches mit jeweils:
8 Pools mit je 6 Proben
6 Pools mit je 8 Proben
167 µl
125 µl
Pipettierung
02/2008, Version 1.0 2.9
Die Pipettierung eines 2D-Pooling-Laufs mit einem 48-Proben-Pool wird
im Folgenden beschrieben. Die Pipettierung eines 2D-Pooling-Laufs mit
einem 24- oder 96-Proben-Pool ist analog.
Wenn keine Rückstellplatte verwendet wird, eine Position der
Rückstellplatte ungültig ist oder ein zu geringes Probenvolumen
enthält, können die Aliquote auch aus den Spenderprobenröhrchen
pipettiert werden.
• Aus vier Positionen in der ersten Querreihe der Rückstellplatte
werden 167-µl-Aliquote von Spenderproben aspiriert und in vier
S-Tubes ab Position 1 des SK24-Racks gegeben (Abbildung 2.9).
• Danach werden 125-µl-Aliquote von Spenderproben aus den
gleichen vier Positionen der Rückstellplatte aspiriert und in ein
einziges S-Tube an Position 9 des SK24-Racks gegeben.
• Aus vier Positionen in der nächsten Querreihe der Rückstellplatte
werden 167-µl-Aliquote von Spenderproben aspiriert und in vier
S-Tubes ab Position 5 des SK24-Racks gegeben.
• Danach werden 125-µl-Aliquote von Spenderproben aus den
gleichen vier Positionen der Rückstellplatte aspiriert und in das
S-Tube an Position 9 des SK24-Racks gegeben.
Zu diesem Zeitpunkt enthalten die S-Tubes an den Positionen 1 bis
8 des SK24-Racks jeweils ein Aliquot einer einzigen Spenderprobe,
während das S-Tube an Position 9 Aliquote von acht Spender-
proben enthält (Abbildung 2.9).
Abbildung 2.9
Pipettierung in die ersten acht Positionen
(Beispiel für ein 2D-Pooling für einen Primär-Pool mit 48 Proben)
Rückstellplatte
Position 9
167 µl
125 µl
2.10 02/2008, Version 1.0
• Der Vorgang wird anschließend für die nächsten acht Positionen
der Rückstellplatte wiederholt. Wiederum werden 167-µl-Aliquote
von Spenderproben in die S-Tubes an den Positionen 1 bis 8 des
SK24-Racks gegeben, während 125-µl-Aliquote derselben Spender-
proben in das einzige S-Tube an Position 10 des SK24-Racks
gegeben werden (Abbildung 2.10).
• Dieser Vorgang wird fortgesetzt, bis alle Spenderproben pipettiert
wurden.
Nach Abschluss des Laufs enthalten die S-Tubes an den Positionen
1 bis 8 des SK24-Racks jeweils Aliquote von sechs Spenderproben,
während die S-Tubes an den Positionen 9 bis 14 jeweils Aliquote
von acht Spenderproben enthalten.
Abbildung 2.10
Pipettierung in die nächsten acht Positionen
(Beispiel für ein 2D-Pooling für einen Primär-Pool mit 48 Proben)
Rückstellplatte
SK24-Rack
167 µl
125 µl
Pipettierung
02/2008, Version 1.0 2.11
Confirmation Pooling
Ein Bestätigungs-Pooling wird zum erneuten Testen von Proben aus
reaktiven großen Primär-Pools verwendet, wenn weitere Hinweise auf die
Reaktivität einer oder mehrerer Proben, wie z. B. ein positiver Serologie-
test, vorliegen.
Auch unvollständige Pools können mit einem Bestätigungs-Pooling
erneut getestet werden.
Proben, die vermutlich reaktiv sind, werden in Einzelproben-Pools
pipettiert. Die übrigen Proben werden in Mehrproben-Pools zusammen-
geführt (Abbildung 2.11).
Alle Proben aus einem Primär-Pool können bei einem Bestätigungs
-
Pooling-Lauf bearbeitet werden.
Bis zu vier Proben aus einem Primär-Pool mit 48 oder 96 Proben
können zur Pipettierung in Einzelproben-Pools verwendet werden.
Bis zu zwei Proben aus einem Primär-Pool mit 24 Proben können
zur Pipettierung in Einzelproben-Pools verwendet werden.
Als Mehrproben-Pools werden 12-, 11-, 6- oder 4-Proben-Pools vorbereitet,
je nachdem 1) wie viele Proben der Primär-Pool enthält und 2) wie viele
Spenderproben für Einzeltests ausgewählt wurden. Das aspirierte Proben-
volumen für die verschieden großen Mehrproben-Pools ist im Folgenden
aufgeführt:
Abbildung 2.11
Probenverteilung in Bestätigungs-Pools
(Beispiel für ein Bestätigungs-Pooling für einen Primär-Pool mit 48 Proben)
Rückstellplatte
Primär-Pool 2
Primär-Pool 1
Mehrproben-Pools
S-Tube-Positionen 1-4
Einzelproben-Pools
S-Tube-Positionen 5-8
Größe des Mehrproben-Pools Aliquot aus jeder Probe
12 Proben 92 µl
11 Proben 92 µl
6 Proben 167 µl
4 Proben 250 µl
2.12 02/2008, Version 1.0
Die Pipettierung beim Bestätigungs-Pooling wird im Folgenden
beschrieben:
Wenn keine Rückstellplatte verwendet wird, eine Position der Rück-
stellplatte
ungültig ist oder ein zu geringes Probenvolumen enthält,
können die Aliquote auch aus den Spenderprobenröhrchen
pipettiert werden.
• Aus den Positionen von vermutlich nicht-reaktiven Proben aus der
ersten Gruppe der Rückstellplatte werden Aliquote (92 µl, 167 µl
oder 250 µl) von Spenderproben aspiriert. Jede Probe wird in ein
S-Tube beginnend an Position 1 des SK24-Racks gegeben.
•
Dieser Vorgang wird wiederholt, wobei die Positionen (bzw. Spender-
röhrchen) für die vermutlich reaktiven Spenderproben über-
sprungen werden (Abbildung 2.12).
Abbildung 2.12
Pipettierung der vermutlich nicht-reaktiven Proben in Bestätigungs-Pools
(Beispiel für ein Bestätigungs-Pooling für einen Primär-Pool mit 48 Proben)
Rückstellplatte
SK24-Rack
92 µl
Pipettierung
02/2008, Version 1.0 2.13
• Nachdem alle Aliquote der vermutlich nicht-reaktiven Spender-
proben pipettiert wurden, werden 1-ml-Aliquote der vermutlich
reaktiven Spenderproben aus den entsprechenden Positionen (oder
Spenderröhrchen) aspiriert und in einzelne S-Tubes gegeben
(Abbildung 2.13).
Abbildung 2.13
Pipettierung der vermutlich reaktiven Proben in Einzelproben-Pools
(Beispiel für ein Bestätigungs-Pooling für einen Primär-Pool mit 48 Proben)
Rückstellplatte
SK24-Rack
1 ml
2.14 02/2008, Version 1.0
Auflösungs-Pooling
Ein Auflösungs-Pool ist ein Einzelproben-Pool und wird für Proben
hergestellt, 1) bei denen während des Primär-Pooling-Laufs Pipettierungs-
f
ehler aufgetreten sind oder 2) die in einem reaktiven Bestätigungs-Pool
oder einem reaktiven 2D-Pool enthalten sind. Ein Auflösungs-Pool wird
vorbereitet, indem ein Aliquot aus einer Position der Rückstellplatte in ein
eigenes S-Tube pipettiert wird.
Der Laboradministrator kann auch zur Klärung von ungültigen
Ergebnissen ein Auflösungs-Pooling durchführen.
Die Probe kann aus dem Spenderröhrchen aspiriert werden, wenn
keine Rückstellplatte verfügbar ist oder wenn die Rückstellplatten-
position für diese Spenderprobe unbenutzbar ist.
Bei einem Auflösungs-Pooling-Lauf können bis zu 36 Proben
bearbeitet werden.
Während des Auflösungs-Poolings wird 1 ml einer Probe aus ihrer
Position in der Rückstellplatte aspiriert und in ein eigenes S-Tube gefüllt.
Abbildung 2.14
Pipettierung von Auflösungs-Pools
Rückstellplatte
SK24-Rack
1 ml
Für das Auflösungs-Pooling
festgelegte Positionen
-
1
-
2
-
3
-
4
-
5
-
6
-
7
-
8
-
9
-
10
-
11
-
12
-
13
-
14
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