Roche cobas s 201 system Benutzerhandbuch
- Typ
- Benutzerhandbuch
02/2008, Version 1.0 1.1
Pooling-Algorithmen1
Überblick
Mit dem cobas s 201 System können bei entsprechender Konfiguration
große Pools hergestellt werden. Große Pools enthalten gleiche Aliquote
von n Spenderproben.
n ist hier entweder 24, 48 oder 96.
Große Pools werden nur für MPX-Tests verwendet.
Primär-Pooling
Das Primär-Pooling für große Pools besteht aus zwei Schritten:
1
Plate Run - Pool
n
(MPX): In den Positionen der Zwischenplatte werden
Interim Pools aus Aliquoten von jeweils 12 Spenderproben hergestellt. Bei
Verwendung der Standardkonfiguration bereitet das cobas s 201 System
außerdem eine Sammelplatte mit einem Aliquot aus jedem Spender-
röhrchen vor, falls eine zweite Messung (Sekundärmessung) erforderlich ist.
2
Batch Run - Pool
n
(MPX): Kontrollen werden pipettiert, dann werden
gleiche Aliquote aus den Positionen der Zwischenplatte in S-Tubes
zusammengeführt, um Pools mit 24 (zwei Positionen), 48 (vier Positionen)
oder 96 (acht Positionen) Proben zu erstellen.
Sekundär-Pooling
Ein Folgetest (Sekundärtest) ist notwendig, wenn die Testergebnisse eines
großen Primär-Pools ungültig oder reaktiv sind. Für das Sekundär-
Pooling stehen folgende Optionen zur Verfügung:
• Repeat Batch Run - Pool n (MPX): Schritt 2 des Primär-Pooling-
Laufs wird wiederholt, um Spenderproben aus Pools mit
ungültigen Testergebnissen erneut zu testen.
• Zweidimensionales (2D-) Pooling (MPX): Es wird eine Matrix aus
Spender-Pools hergestellt, bei der jede Spenderprobe in jeweils zwei
bestimmte Pools pipettiert wird. Sind beide Pools reaktiv, kann das
Ergebnis einer bestimmten Spenderprobe zugeordnet werden.
• Bestätigungs-Pooling (MPX): Um die Reaktivität von auffälligen
Spenderproben zu bestätigen, werden Einzelproben-Pools
hergestellt; die übrigen Proben werden in Vier-, Sechs-, Elf- oder
Zwölf-Proben-Pools zusammengeführt, um die Reaktivität für
diese Proben auszuschließen.
• Auflösungs-Pooling (MPX): Um Proben aus ungültigen oder
reaktiven Pools separat zu testen, werden Pools mit einer Probe
vorbereitet.
1.2 02/2008, Version 1.0
Arbeitsablauf-Diagramm
Der standardmäßige Arbeitsablauf zum Testen von Proben in großen
Pools ist in Abbildung 1.1 dargestellt.
Abbildung 1.1
Arbeitsablauf-Diagramm für große Pools
Error
Nicht-reaktiv
(negativ)
Reaktiv
OK
Ergebnis
Pipettierstatus
Nein
Ja
Primär-Pools mit
24, 48 oder 96
Proben
(Batch Run)
Repeat Batch
Run
Abgeschlossen,
Nicht-reaktiv
(negativ)
OK
Aspiriert
Error
Pipettierstatus
Ungültig
Primär-Pools mit
24, 48 oder 96
Proben
(Plate Run)
Unvollständiger
Pool
Bestätigungs-
Pooling
Nein
Ungültig
Abgeschlossen,
Nicht-reaktiv
(negativ)
Nicht-reaktiv
(negativ)
Ergebnis
Abgeschlossen,
Nicht-reaktiv
(negativ)
Abgeschlossen,
Reaktiv
Reaktiv
Größe des
Pools
Gleich 1
Ja
Spenderproben
mit positivem
Ergebnis aus
einem anderen
Te st
ausschließen
Größer als 1
Auflösungs-
Pooling
Nicht-reaktiv
(negativ)
Ungültig
Abgeschlossen,
Nicht-reaktiv
(negativ)
Abgeschlossen,
Reaktiv
Reaktiv
Ergebnis
Anderes Ergebnis
2D Pooling
Nicht-reaktiv
(negativ)
Batch ungültig
Auswertung
der 2D-Matrix
Pooling-Algorithmen
02/2008, Version 1.0 1.3
Der in Abbildung 1.1 gezeigte Ablauf ist vom System vorgegeben.
Der Laboradministrator kann jedoch den standardmäßigen Arbeits-
a
blauf ändern und zum erneuten Testen von Proben aus reaktiven
oder ungültigen Pools z. B. ein Auflösungs-Pooling durchführen
(siehe Ändern von Pooling-Anforderungen im Hardware- und
Software-Referenzhandbuch zum cobas s 201 System).
Plate Run
Der Plate Run ist der erste Schritt des Primär-Poolings. Nachdem die
Proben während des Plate Run erfolgreich in eine Zwischenplatte
pipettiert wurden, wird für diese Proben ein Batch Run, der zweite Schritt
des Primär-Poolings, angefordert.
Für Proben, die erfolgreich aspiriert wurden und bei denen anschließend
Pipettierungsfehler auftraten, wird ein Auflösungs-Pooling (Abbildung 1.19)
angefordert. Wurden die Proben nicht erfolgreich aspiriert, muss der Plate
Run wiederholt werden (Abbildung 1.2).
Abbildung 1.2
Plate Run
Auflösungs-
Pooling
Primär-Pools
mit 24, 48 oder
96 Proben
(Plate Run)
Primär-Pools
mit 24, 48 oder
96 Proben
(Batch Run)
Nein
Ja
Aspiriert
Error
OK
Pipettier-
status
1.4 02/2008, Version 1.0
Batch Run
Der Batch Run ist der zweite Schritt des Primär-Poolings. Nachdem die
Proben während des Batch Run erfolgreich in einen großen Pool pipettiert
wurden, werden sie auf eventuell vorhandene Screening-Analyte getestet
(Abbildung 1.3).
• Ist der Pool nicht-reaktiv (negativ), werden alle Spenderproben in
diesem Pool als nicht-reaktiv (negativ) angegeben.
• Ist der Pool reaktiv und enthält er die vorgesehenen 96, 48 oder
24 Proben, so wird für die Spenderproben des Pools ein
2D-Pooling angefordert (Abbildung 1.4).
• Ist der Pool reaktiv und enthält er (aufgrund von Pipettierungs-
fehlern) weniger als die vorgesehenen 96, 48 oder 24 Proben, so
wird für die Spenderproben des unvollständigen Pools ein
Bestätigungs-Pooling angefordert (Abbildung 1.18).
• Ist das Testergebnis ungültig, wird ein weiterer Batch Run (ein so
genannter Repeat Batch Run) angefordert.
Für Proben, bei denen Pipettierungsfehler aufgetreten sind, werden
Auflösungs-Poolings angefordert.
Abbildung 1.3
Batch Run
Auflösungs-
Pooling
Error
Nicht-reaktiv
(negativ)
Reaktiv
OK
Ungültig
Ergebnis
Pipettier-
status
Unvoll-
ständiger
Pool
Nein
Ja
Primär-Pools
mit 24, 48 oder
96 Proben
(Batch Run)
2D Pooling
Repeat
Batch Run
Bestätigungs-
Pooling
Complete,
Non-Reactive
Pooling-Algorithmen
02/2008, Version 1.0 1.5
2D-Pooling
Ein 2D-Pooling wird angefordert, wenn das Testergebnis für einen
Primär-Pool oder Batch-Wiederholungs-Pool reaktiv ist und der Pool
Aliquote sämtlicher (24, 48 oder 96) Spenderproben enthält.
Der Laboradministrator kann zum erneuten Testen eines
ungültigen Primär-Pools anstelle eines Repeat Batch Run auch ein
2D-Pooling durchführen.
Beim 2D-Pooling wird eine Matrix aus Spender-Pools hergestellt, bei der
jede Spenderprobe aus dem ursprünglichen Pool in jeweils zwei
bestimmte Pools pipettiert wird. Die Ergebnisse der beiden Pools werden
ausgewertet; sie geben Aufschluss darüber, ob die jeweilige Spenderprobe
nicht-reaktiv ist oder ob ein Auflösungs-Pooling erforderlich ist
(Abbildung 1.4).
Die Anzahl der Pools in der 2D-Matrix hängt von der Größe des ersten
Primär-Pools ab:
Abbildung 1.4
2D-Pooling
2D Pooling
Batch ungültig
Auswertung
der 2D-Matrix
Auflösungs-
Pooling
Abgeschlossen,
Nicht-reaktiv
(negativ)
Nicht-reaktiv
(negativ)
Anderes Ergebnis
Größe des
Primär-Pools
Anzahl der 2D-Pools MxN
24 4 Pools mit je 6 Proben
6 Pools mit je 4 Proben
4x6
48 8 Pools mit je 6 Proben
6 Pools mit je 8 Proben
8x6
96 Zwei Batches mit jeweils:
8 Pools mit je 6 Proben
6 Pools mit je 8 Proben
8x6
(zwei Matrizen)
1.6 02/2008, Version 1.0
Auswertung der 2D-Matrix
Die Auswertung der MxN 2D-Poolingmatrix basiert auf der Untersuchung
der horizontalen Pooling-Ergebnisse P
H
(M), der vertikalen Pooling-
Ergebnisse P
V
(N) und der Interpretation der Ergebnisse der Spender-
proben an den Schnittstellen (R
h,
R
v
).
Die Diagramme auf den folgenden Seiten stellen verschiedene Möglich-
keiten für 2D-Poolingmatrizen dar. Die Kreise (außerhalb der Matrix)
enthalten die Testergebnisse des Pools (S-Tubes). Die Quadrate (innerhalb
der Matrix) enthalten die Ergebnisse der Spenderproben, die auf Grund-
lage der Testergebnisse für die beiden Pools interpretiert werden, in denen
die Spenderprobe getestet wurde.
In allen Beispielen umfasst die Matrix 6 Spalten und 4 Reihen.
Abbildung 1.5
Überblick über die Auswertung der 2D-Poolingmatrix
Horizontales Ergebnis
Vertikales Ergebnis
Schnittstelle steht für eine Spenderprobe
Pooling-Algorithmen
02/2008, Version 1.0 1.7
Beispiel 1
Die Ergebnisse aller 2D-Pools sind nicht-reaktiv (-). Alle Schnittstellen
(-,-) werden als nicht-reaktiv interpretiert. Alle Spenderproben werden als
Complete, Non-Reactive (Abgeschlossen, nicht-reaktiv) angegeben
(Abbildung 1.6).
Beispiel 2
Die Testergebnisse für einen horizontalen und einen vertikalen 2D-Pool
sind reaktiv (+). Die Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind nicht-reaktiv
(-). Für die Spenderprobe an der Schnittstelle der reaktiven Pools (+,+)
wird ein Auflösungs-Pooling angefordert. Alle übrigen Schnittstellen
[(-,-), (+,-), (-,+)] werden als nicht-reaktiv interpretiert; diese
Spenderproben werden als Complete, Non-Reactive (Abgeschlossen,
nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.7).
Abbildung 1.6
2D-Matrix: Beispiel 1
Abbildung 1.7
2D-Matrix: Beispiel 2
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
1.8 02/2008, Version 1.0
Beispiel 3
Die Testergebnisse für einen horizontalen und einen vertikalen 2D-Pool
sind ungültig (I). Die Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind nicht-reaktiv
(-). Für die Spenderprobe an der Schnittstelle der ungültigen Pools (I,I)
wird ein Auflösungs-Pooling angefordert. Alle übrigen Schnittstellen
[(-,-), (I,-), (-,I)] werden als nicht-reaktiv interpretiert; diese Spender-
proben werden als Complete, Non-Reactive (Abgeschlossen, nicht-
reaktiv) angegeben (Abbildung 1.8).
Beispiel 4
Das Testergebnis eines horizontalen 2D-Pools ist reaktiv (+) und das
Testergebnis eines vertikalen 2D-Pools ist ungültig (I) (oder umgekehrt).
Die Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind nicht-reaktiv (-). Für die
Spenderprobe an der Schnittstelle des reaktiven Pools und des ungültigen
Pools [(+,I) oder (I,+)] wird ein Auflösungs-Pooling angefordert. Alle
übrigen Schnittstellen [(-,-), (+,-), (-,+), (-,I), (I,-)] werden als nicht-
reaktiv interpretiert; diese Spenderproben werden als Complete,
Non-Reactive (Abgeschlossen, nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.9).
Abbildung 1.8
2D-Matrix: Beispiel 3
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
Abbildung 1.9
2D-Matrix: Beispiel 4
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
Pooling-Algorithmen
02/2008, Version 1.0 1.9
Beispiel 5
Die Testergebnisse für einen horizontalen 2D-Pool und zwei vertikale
2D-Pools (oder umgekehrt) sind reaktiv (+). Die Ergebnisse aller anderen
2D-Pools sind nicht-reaktiv (-). Für die Spenderproben an den Schnitt-
stellen (+,+) wird ein Auflösungs-Pooling angefordert. Alle übrigen
Schnittstellen [(-,-), (+,-), (-,+)] werden als nicht-reaktiv interpretiert;
diese Spenderproben werden als Complete, Non-Reactive (Abgeschlossen,
nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.10).
Beispiel 6
Die Testergebnisse für einen horizontalen und einen vertikalen 2D-Pool
sind reaktiv (+). Das Testergebnis für einen 2D-Pool (horizontal oder
vertikal) ist ungültig (I). Die Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind
nicht-reaktiv (-). Für die Spenderproben an den Schnittstellen [(+,+),
(+,I), (I,+)] wird ein
Auflösungs-Pooling
angefordert
. Alle übrigen
Schnittstellen [(-,-), (+,-), (-+),
(-,I), (I,-)] werden als nicht-reaktiv
interpretiert; diese Spenderproben werden als Complete, Non-Reactive
(Abgeschlossen, nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.11).
Abbildung 1.10
2D-Matrix: Beispiel 5
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
Abbildung 1.11
2D-Matrix: Beispiel 6
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
1.10 02/2008, Version 1.0
Beispiel 7
Die Testergebnisse für zwei vertikale 2D-Pools sind reaktiv (+) und das
Testergebnis eines horizontalen 2D-Pools ist ungültig (I) (oder
umgekehrt). Die Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind nicht-reaktiv (-).
Für die Spenderproben an den Schnittstellen [(I,+), (+,I)] wird ein
Auflösungs-Pooling angefordert. Alle übrigen Schnittstellen [(-,-), (-,+),
(+,-), (-,I), (I,-)] werden als nicht-reaktiv interpretiert; diese
Spenderproben werden als Complete, Non-Reactive (Abgeschlossen,
nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.12).
Beispiel 8
Die Testergebnisse aller 2D-Pools sind ungültig (I) oder wurden vom
Benutzer zurückgewiesen. Die gesamte Matrix ist ungültig. Für alle Spender-
proben wird ein (erneutes) 2D-Pooling angefordert (Abbildung 1.13).
Ein 2D-Wiederholungs-Pool kann nur durchgeführt werden,
wenn alle 2D-Pools ungültig sind.
Abbildung 1.12
2D-Matrix: Beispiel 7
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
Abbildung 1.13
2D-Matrix: Beispiel 8
Pooling-Algorithmen
02/2008, Version 1.0 1.11
Beispiel 9
Das Testergebnis eines horizontalen 2D-Pools ist reaktiv (+). Es gibt
keinen entsprechenden vertikalen 2D-Pool mit
reaktivem Testergebnis.
Die Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind nicht-reaktiv (-).
Für die
Spenderproben an den Schnittstellen (+,-) wird ein Auflösungs-Pooling
angefordert. Alle übrigen Schnittstellen (-,-) werden als nicht-reaktiv
interpretiert; diese Spenderproben werden als Complete, Non-Reactive
(Abgeschlossen, nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.14).
Beispiel 10
Das Testergebnis eines vertikalen 2D-Pool ist reaktiv (+). Es gibt keinen
entsprechenden horizontalen 2D-Pool mit reaktivem Testergebnis. Die
Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind nicht-reaktiv (-). Für die Spender-
proben an den Schnittstellen (-,+) wird ein Auflösungs-Pooling
angefordert. Alle übrigen Schnittstellen (-,-) werden als nicht-reaktiv
interpretiert; diese Spenderproben werden als Complete, Non-Reactive
(Abgeschlossen, nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.15).
Abbildung 1.14
2D-Matrix: Beispiel 9
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
Abbildung 1.15
2D-Matrix: Beispiel 10
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
1.12 02/2008, Version 1.0
Beispiel 11
Das Testergebnis eines horizontalen 2D-Pools ist ungültig (I). Es gibt
keinen entsprechenden vertikalen 2D-Pool mit ungültigem Testergebnis.
Die Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind nicht-reaktiv (-). Für die
Spenderproben an den Schnittstellen (I,-) wird ein Auflösungs-Pooling
angefordert. Alle übrigen Schnittstellen (-,-) werden als nicht-reaktiv
interpretiert; diese Spenderproben werden als Complete, Non-Reactive
(Abgeschlossen, nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.16).
Beispiel 12
Das Testergebnis eines vertikalen 2D-Pools ist ungültig (I). Es gibt keinen
entsprechenden horizontalen 2D-Pool mit ungültigem Testergebnis. Die
Ergebnisse aller anderen 2D-Pools sind nicht-reaktiv (-). Für die Spender-
proben an den Schnittstellen (-,I) wird ein Auflösungs-Pooling
angefordert. Alle übrigen Schnittstellen (-,-) werden als nicht-reaktiv
interpretiert; diese Spenderproben werden als Complete, Non-Reactive
(Abgeschlossen, nicht-reaktiv) angegeben (Abbildung 1.17).
Abbildung 1.16
2D-Matrix: Beispiel 11
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
Abbildung 1.17
2D-Matrix: Beispiel 12
Anforderung eines
Auflösungs-Poolings
Pooling-Algorithmen
02/2008, Version 1.0 1.13
Bestätigungs-Pooling
Enthält ein Primär-Pool aufgrund von Pipettierungsfehlern weniger als
die vorgesehene Anzahl an Proben, wird anstelle eines 2D-Pooolings ein
Bestätigungs-Pooling angefordert.
Der Laboradministrator kann anstelle eines 2D-Poolings auch ein
Bestätigungs-Pooling durchführen. Wurde jedoch bereits ein
2D-Pooling begonnen, muss der Algorithmus für das 2D-Pooling
bis zum letzten Schritt weitergeführt werden.
Das Bestätigungs-Pooling ermöglicht das einzelne Testen einiger Proben
(z. B. zur Bestätigung von positiven Serologietestergebnissen). Die potenziell
reaktiven Spenderproben werden vor dem Bestätigungs-Pooling
identifiziert (siehe Registerkarte „Exclude Donors“ im Hardware und
Software-Referenzhandbuch zum cobas s 201 System). Diese Proben
werden in Einzelproben-Pools pipettiert. Die übrigen Proben werden in
kleinere Pools pipettiert. Alle Pools werden auf eventuell vorhandene
Screening-Analyte untersucht (Abbildung 1.18).
• Ist ein Einzelproben-Pool nicht-reaktiv, wird auch die Spender-
probe als nicht-reaktiv angegeben.
• Ist ein Mehrproben-Pool nicht-reaktiv, werden auch alle Spender-
proben in diesem Pool als nicht-reaktiv angegeben.
• Ist ein Einzelproben-Pool reaktiv, wird auch die Spenderprobe als
reaktiv angegeben.
• Ist ein Mehrproben-Pool reaktiv, wird für alle Spenderproben in
diesem Pool ein Auflösungs-Pooling (Abbildung 1.19) angefordert.
• Ist das Testergebnis ungültig, kann das Bestätigungs-Pooling
wiederholt werden.
Abbildung 1.18
Bestätigungs-Pooling
Auflösungs-
Pooling
Bestätigungs-
Pooling
Abgeschlossen,
Nicht-reaktiv
(negativ)
Nicht-reaktiv
Ergebnis
Abgeschlossen,
Reaktiv
Reaktiv
Größe des
Pools
Gleich 1
Spenderproben mit
positivem Ergebnis
aus einem anderen
Test ausschließen
Größer als 1
Ungültig
1.14 02/2008, Version 1.0
Auflösungs-Pooling
Ein Auflösungs-Pooling wird angefordert, wenn bei der Proben-
pipettierung während des Primär-Poolings Fehler aufgetreten sind, sowie
bei Proben aus einem reaktiven Bestätigungs-Pool oder einem reaktiven
2D-Pool. Jeder Auflösungs-Pool enthält dabei ein Aliquot einer einzelnen
Spenderprobe.
Der Laboradministrator kann auch zur Klärung von ungültigen
oder reaktiven Ergebnissen ein Auflösungs-Pooling durchführen.
Auflösungs-Pools werden auf eventuell vorhandene Screening-Analyte
untersucht (Abbildung 1.19).
• Ist der Auflösungs-Pool nicht-reaktiv, wird auch die Spenderprobe
als nicht-reaktiv angegeben.
• Ist der Auflösungs-Pool reaktiv, wird auch die Spenderprobe als
reaktiv angegeben.
• Ist der Auflösungs-Pool ungültig, muss diese Spenderprobe in
einen weiteren Auflösungs-Pool aufgenommen werden.
Abbildung 1.19
Auflösungs-Pooling
Auflösungs-
Pooling
Nicht-reaktiv
(negativ)
Ungültig
Abgeschlossen,
Nicht-reaktiv
(negativ)
Abgeschlossen,
Reaktiv
Reaktiv
Ergebnis
-
1
-
2
-
3
-
4
-
5
-
6
-
7
-
8
-
9
-
10
-
11
-
12
-
13
-
14
Roche cobas s 201 system Benutzerhandbuch
- Typ
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