Roche cobas s 201 system Benutzerhandbuch
- Typ
- Benutzerhandbuch
02/2007, Version 1.0 2.1
Pipettierung 2
Batch-Konzept
Das cobas s 201 System ist für die Probenverarbeitung in Batches
ausgelegt. Ein Batch ist eine Gruppe von Proben und Kontrollen, die
gemäß den Regeln für die zugehörige Testspezifikation zusammen
pipettiert, extrahiert und amplifiziert werden.
Ein Batch besteht aus der Gesamtheit der Proben und Kontrollen in einem
SK24-Rack.
Ein Batch wird vom Pooling bis hin zur Ergebnisausgabe anhand der ID
des SK24-Racks sowie einer bei der Pipettierung zugewiesenen
eindeutigen Batch-ID identifiziert.
Die einzelnen Proben und Kontrollen innerhalb des Batches werden über
das Einlesen ihrer Barcode-IDs, die sich auf den Barcodeclips befinden,
identifiziert. Die Barcodeclips an den S-Tubes werden während des
Poolings und der Probenaufarbeitung verwendet, die Barcodeclips an den
K-Tubes während der Amplifikation und Detektion.
Abbildung 2.1
Batch
SK24-Rack-ID
Eindeutiger S-Tube-
Barcodeclip
2.2 02/2007, Version 1.0
Externe Kontrollen von Roche (RMECs)
In jedem Batch müssen externe Kontrollen von Roche (RMECs) enthalten
sein. Die Anzahl der erforderlichen RMECs hängt vom jeweiligen Test ab.
MPX-Tests umfassen fünf Analyte; für jeden Batch müssen fünf RMEC-
Positivkontrollen und eine RMEC-Negativkontrolle pipettiert werden. Bei
der Pipettierung wird ein Aliquot der Negativkontrolle in das S-Tube an
Position 19 jedes SK24-Racks überführt. Anschließend werden Aliquote
aus jeder Positivkontrolle in S-Tubes an den Positionen 20 bis 24 jedes
SK24-Racks überführt (Abbildung 2.2).
WNV-Tests enthalten einen einzelnen Analyten; für jeden Batch muss eine
RMEC-Negativkontrolle und eine RMEC-Positivkontrolle pipettiert
werden. Bei der Pipettierung wird ein Aliquot der Negativkontrolle in das
S-Tube an Position 23 jedes SK24-Racks überführt. Danach wird ein
Aliquot der Positivkontrolle mit einem zweiten Aliquot der
Negativkontrolle (aus einem zweiten Röhrchen mit Negativkontrolle zur
Verdünnung der Positivkontrolle entnommen) in dem S-Tube an Position
24 jedes SK24-Racks gemischt. (Abbildung 2.3).
Die RMECs werden stets vor den Proben pipettiert. Auf diese Weise
kann der Benutzer die bei der Kontrollpipettierung aufgetretenen
Fehler beheben, bevor die Probenpipettierung beginnt.
Abbildung 2.2
MPX-RMECs in einem SK24-Rack
Negativkontrolle
Positivkontrollen
Abbildung 2.3
WNV-RMECs in einem SK24-Rack
Positivkontrolle
Negativkontrolle
Pipettierung
02/2007, Version 1.0 2.3
RMECs werden stets in die letzten Positionen der SK24-Racks
gestellt, so dass der gesamte Testlauf von der Probenaufarbeitung
bis hin zur Amplifikation und Detektion durch Kontrollproben
überprüft wird.
Benutzerdefinierte externe Kontrollen
(UDECs)
Auf dem cobas s 201 System können jedem Test bis zu fünf
benutzerdefinierte externe Kontrollen (UDECs) zugewiesen werden. Die
Angaben zu den UDECs, einschließlich Kontrollname, Barcodemuster,
Chargennummer, Verfallsdatum und Position der UDEC im SK24-Rack,
werden vom Laboradministrator vorgegeben.
Sobald UDECs für einen bestimmten Test zugewiesen wurden, kann der
Benutzer entscheiden, ob sie in einen Pipettierlauf einbezogen werden
sollen.
Falls ja, werden die UDECs stets im ersten SK24-Rack pipettiert.
Die UDECs werden in den Bildschirmen und Berichten des Roche PDM
Pooling Manager und des Roche PDM Data Manager aufgeführt.
Rückstellplatte
Für den Fall, dass ein Sekundär-Pooling erforderlich ist, kann während des
Primär-Poolings eine Rückstellplatte (Abbildung 2.4) mit einem Aliquot
aus jedem Spenderröhrchen vorbereitet werden.
Das Sekundär-Pooling kann auch direkt mit Aliquoten aus den
Spenderröhrchen durchgeführt werden, wenn keine Rückstellplatte
vorbereitet wurde oder wenn eine Position der Rückstellplatte
unbenutzbar ist.
Abbildung 2.4
Rückstellplatte
2.4 02/2007, Version 1.0
Die Position, die eine Probe in der Rückstellplatte einnimmt, hängt
von der Anzahl der Proben innerhalb des Laufs und der Art des
Poolings ab.
Primär-Pools mit 1 Probe
Ein Primär-Pool mit 1 Probe ist ein Einzelproben-Pool für die erste
Probenmessung. Ein Primär-Pool mit 1 Probe wird vorbereitet, indem ein
Aliquot aus einem Spenderröhrchen in ein eigenes S-Tube pipettiert wird.
Die maximale Anzahl an Spenderprobenröhrchen, die in einem Lauf mit
Primär-Pools mit 1 Probe pipettiert werden kann, hängt vom Test, dem
verwendeten Pipettor und der Größe der Spenderröhrchen ab.
Während eines Laufs mit Primär-Pools mit 1 Probe wird 1 ml
Spenderprobe aus jedem Spenderprobenröhrchen der ersten Gruppe
aspiriert und in ein eigenes S-Tube abgegeben (Abbildung 2.5).
Tes t
Hamilton Microlab STAR
IVD
Pipettor
Hamilton Microlab STARlet IVD
Pipettor
7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen 7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen
MPX 216 216 90 90
WNV 264 264 88 88
Abbildung 2.5
Pipettierung von Primär-Pools mit 1 Probe
SK24-Rack
Spenderröhrchen-Carrier mit
1 ml
Position 32
Position 1
32 Positionen
Pipettierung
02/2007, Version 1.0 2.5
Wenn eine Rückstellplatte vorbereitet wird, wird 1 ml Spenderprobe aus
jedem Spenderprobenröhrchen aspiriert und in eine eigene Position auf
der Rückstellplatte gegeben. Weitere 135 µl werden dann aus denselben
Spenderprobenröhrchen aspiriert und in dieselben Positionen der
Rückstellplatte gegeben, was insgesamt ein Volumen von 1,135 ml an jeder
Position ergibt (Abbildung 2.6).
Abbildung 2.6
Pipettierung von Primär-Pools mit 1 Probe in eine Rückstellplatte
Rückstellplatte
Spenderröhrchen-Carrier
Position 32
Position 1
1 ml +135 µl
mit 32 Positionen
2.6 02/2007, Version 1.0
Primär-Pools mit 6 Proben
Ein Primär-Pool mit 6 Proben ist ein Sechs-Proben-Pool für die erste
Probenmessung. Ein Primär-Pool mit 6 Proben wird vorbereitet, indem
gleiche Aliquote aus sechs Spenderröhrchen in einem S-Tube
zusammengeführt werden.
Die maximale Anzahl an Spenderprobenröhrchen, die in einem Lauf mit
Primär-Pools mit 6 Proben pipettiert werden kann, hängt vom Test, dem
verwendeten Pipettor und der Größe der Spenderröhrchen ab.
Die Anzahl der geladenen Spenderproben muss ein Vielfaches von 6
sein.
Tes t
Hamilton Microlab STAR
IVD
Pipettor
Hamilton Microlab STARlet IVD
Pipettor
7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen 7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen
MPX 432 432 216 216
WNV 480 480 264 264
Pipettierung
02/2007, Version 1.0 2.7
Während eines Laufs mit Primär-Pools mit 6 Proben wird 1 ml
Spenderprobe aus jedem Spenderprobenröhrchen der ersten Gruppe
aspiriert und in eine eigene Position auf einer Rückstellplatte gegeben.
Weitere 700 µl werden dann aus denselben Spenderprobenröhrchen
aspiriert und in dieselben Positionen der Rückstellplatte gegeben, was
insgesamt ein Volumen von 1,7 ml Spenderprobe an der jeweiligen
Position der Rückstellplatte ergibt. Schließlich werden 167 µl aus jeder
Position der Rückstellplatte aspiriert und in S-Tubes ab Position 1 des
ersten SK24-Racks gefüllt (Abbildung 2.7).
Abbildung 2.7
Pipettierung der ersten Gruppe von Spenderproben für Primär-Pools mit 6 Proben
Rückstellplatte
SK24-Rack
Spenderröhrchen-Carrier
1 ml +700 µl
167 µl
Position 32
Position 1
mit 32 Positionen
2.8 02/2007, Version 1.0
Nachdem die erste Gruppe von Spenderproben pipettiert wurde, werden
Aliquote aus der nächsten Gruppe von Spenderproben in die nächsten
verfügbaren Positionen der Rückstellplatte pipettiert, und ein Aliquot aus
jeder dieser Positionen wird außerdem ab Position 1 des ersten SK24-
Racks pipettiert (Abbildung 2.8).
Dieser Vorgang wird so lange fortgesetzt, bis die S-Tubes jeweils gepoolte
167-µl-Aliqoute aus sechs Spenderproben enthalten und die Rückstell-
platte ein 1,533-ml-Aliquot aus jedem der Spenderprobenröhrchen
enthält.
Wurde keine Rückstellplatte vorbereitet, werden 167-µl-Aliquote
direkt aus den Spenderprobenröhrchen in die S-Tubes pipettiert.
Abbildung 2.8
Pipettierung der nächsten Gruppe von Spenderproben für Primär-Pools mit 6 Proben
COBAS AmpliPrep
Probenrack
Rückstellplatte
SK24-Rack
1 ml +700 µl
167 µl
Spenderröhrchen-Carrier
Position 32
Position 1
mit 32 Positionen
Pipettierung
02/2007, Version 1.0 2.9
Simultan-Pools mit 6 Proben
Primär-Pools mit 6 Proben sind zwei Sechs-Proben-Pools für die erste
Probenmessung. Primär-Pools mit 6 Proben werden vorbereitet, indem
gleiche Aliquote aus sechs Spenderprobenröhrchen in jeweils zwei S-
Tubes zusammengeführt werden.
Die maximale Anzahl an Spenderprobenröhrchen, die in einem Lauf mit
Primär-Pools mit 6 Proben pipettiert werden kann, hängt vom Test und
der Größe der Spenderröhrchen ab.
Die Anzahl der geladenen Spenderproben muss ein Vielfaches von 6
sein.
Während eines Laufs mit Primär-Pools mit 6 Proben wird 1 ml
Spenderprobe aus jedem Spenderprobenröhrchen der ersten Gruppe
aspiriert und in eine eigene Position auf einer Rückstellplatte gegeben.
Weitere 700 µl werden dann aus denselben Spenderprobenröhrchen
aspiriert und in dieselben Positionen der Rückstellplatte gegeben, was
insgesamt ein Volumen von 1,7 ml Spenderprobe an der jeweiligen
Position der Rückstellplatte ergibt. Schließlich werden 334 µl aus jeder
Position der Rückstellplatte aspiriert und jeweils 167 µl in eins von zwei
S-Tubes ab Position 1 der beiden SK24-Racks gefüllt (Abbildung 2.9).
Tes t
Hamilton Microlab STAR
IVD
Pipettor
Hamilton Microlab STARlet IVD
Pipettor
7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen 7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen
MPX und WNV 396 396 N/A N/A
Abbildung 2.9
Pipettierung der ersten Gruppe von Spenderproben für Primär-Pools mit 6 Proben
Rückstellplatte
Spenderröhrchen-Carrier
1 ml + 700 µl
167 µl
Position 32
Position 1
167 µl
SK24-Rack
SK24-Rack
mit 32 Positionen
2.10 02/2007, Version 1.0
Nachdem die erste Gruppe von Spenderproben pipettiert wurde, werden
Aliquote aus der nächsten Gruppe von Spenderproben in die nächsten
verfügbaren Positionen der Rückstellplatte pipettiert, und ein Aliquot aus
jeder dieser Positionen wird außerdem ab Position 1 der beiden SK24-
Racks pipettiert.
Dieser Vorgang wird so lange fortgesetzt, bis die S-Tubes jeweils gepoolte
167-µl-Aliqoute aus sechs Spenderproben enthalten und die Rückstell-
platte ein 1,466-ml-Aliquot aus jedem der Spenderprobenröhrchen
enthält.
Wird keine Rückstellplatte vorbereitet, werden 334 µl aus den
Spenderprobenröhrchen aspiriert und jeweils 167 µl in jedes der
beiden S-Tubes pipettiert.
Pipettierung
02/2007, Version 1.0 2.11
Wiederholungs-Pools mit 6 Proben
Ein Wiederholungs-Pool mit 6 Proben ist ein Sechs-Proben-Pool zum
erneuten Testen von Spenderproben eines Primär-Pools mit 6 Proben,
falls eins der Testergebnisse ungültig war. Ein Wiederholungs-Pool mit 6
Proben wird vorbereitet, indem gleiche Aliquote aus sechs Positionen
einer Rückstellplatte in einem S-Tube zusammengeführt werden.
Der Wiederholungs-Pool mit 6 Proben muss die gleichen
Spenderproben wie der ursprüngliche Primär-Pool mit 6 Proben
enthalten.
Die maximale Anzahl an Proben, die in einem Lauf mit einem
Wiederholungs-Pool mit 6 Proben pipettiert werden kann, hängt vom Test
und vom verwendeten Pipettor ab.
Test Hamilton Microlab
STAR IVD
Pipettor
Hamilton Microlab STARlet IVD
Pipettor
7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen 7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen
MPX 216 216 216 216
WNV 264 264 264 264
2.12 02/2007, Version 1.0
Während eines Laufs mit einem Wiederholungs-Pool mit 6 Proben
werden 167 µl von jeder der sechs Proben aus der Rückstellplatte in ein S-
Tube überführt (Abbildung 2.10).
Eine Probe kann aus dem Spenderröhrchen aspiriert werden, wenn
keine Rückstellplatte verfügbar ist oder wenn die Rückstellplatten-
position für diese Spenderprobe unbenutzbar ist.
Abbildung 2.10
Pipettierung eines Wiederholungs-Pools mit 6 Proben aus der Rückstellplatte
Rückstellplatte
SK24-Rack
167 µl
Für das Wiederholungs-Pooling
festgelegte Positionen
Pipettierung
02/2007, Version 1.0 2.13
Auflösungs-Pooling
Ein Auflösungs-Pool ist ein Einzelproben-Pool zur Identifizierung der
reaktiven Probe(n) in einem reaktiven Primär-Pool mit 6 Proben. Der
Laboradministrator kann zum erneuten Testen von Proben aus einem
ungültigen Primär-Pool mit 6 Proben anstelle eines Wiederholungs-Pools
mit 6 Proben auch ein Auflösungs-Pooling durchführen. Ein Auflösungs-
Pool wird vorbereitet, indem ein Aliquot aus einer Position der
Rückstellplatte in ein eigenes S-Tube pipettiert wird.
Die maximale Anzahl an Proben, die in einem Lauf mit einem Auflösungs-
Pool pipettiert werden kann, hängt vom Test und vom verwendeten
Pipettor ab.
Während des Auflösungs-Poolings wird 1 ml einer Probe aus ihrer
Position in der Rückstellplatte aspiriert und in ein eigenes S-Tube gefüllt.
Test
Hamilton Microlab
STAR IVD
Pipettor
Hamilton Microlab STARlet IVD
Pipettor
7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen 7-ml-Röhrchen 10-ml-Röhrchen
MPX 36 36 36 36
WNV 44 44 44 44
Abbildung 2.11
Auflösungs-Pooling aus der Rückstellplatte
Rückstellplatte
SK24-Rack
1 ml
Für das Auflösungs-Pooling
festgelegte Positionen
2.14 02/2007, Version 1.0
Eine Probe kann aus dem Spenderröhrchen aspiriert werden, wenn
keine Rückstellplatte verfügbar ist oder wenn die Rückstellplatten-
position für diese Spenderprobe unbenutzbar ist.
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